Produkty

Patogenne szlaki molekularne w chorobach marskości wątroby, takich jak zapalenie wątroby typu C (HCV), autoimmunologiczne zapalenie wątroby (AIH) i pierwotna marskość żółciowa wątroby (PBC), są słabo scharakteryzowane.Różne ekspresje genów są często ważne w patogenezie choroby.Hybrydyzacja subtraktywna z supresją (SSH) to podejście obejmujące cały genom, które wzbogaca transkrypty mRNA o różnej ekspresji.Naszym celem było dokonanie nowych obserwacji zróżnicowanej ekspresji genów w marskości wątroby przy użyciu SSH w połączeniu z ilościową reakcją łańcuchową polimerazy z odwrotną transkryptazą w czasie rzeczywistym (RT-PCR).Transkryptomy wątroby w marskości HCV, marskości AIH, PBC i niezwiązanej z chorobą tkance wątroby badano za pomocą SSH.Powstałe klony komplementarnego DNA (cDNA) ponownie przeszukiwano pod kątem zróżnicowanej ekspresji przez hybrydyzację typu dot-blot, a następnie sekwencjonowano.Ekspresję wybranego genu określono ilościowo za pomocą RT-PCR w czasie rzeczywistym.Po SSH ponownie przeszukano 694 klony pod kątem zróżnicowanej ekspresji genów, z których 145 zsekwencjonowano i stwierdzono, że pochodzą z 89 różnych genów.Siedem klonów było homologicznych tylko z ekspresjonowanymi sekwencjami znaczników sekwencji (EST) kodującymi geny o nieznanej funkcji.Regulowana w górę ekspresja czterech genów została potwierdzona przez RT-PCR w czasie rzeczywistym: transbłonowy członek nadrodziny 4 3 (tetraspanina CO-029) we wszystkich postaciach marskości wątroby, białko oddziałujące z hedgehog (HIP) w marskości AIH i chitynaza 3-podobna-1 (HC gp-39 lub ykl-40) i powtórzenie kwasu arginino-glutaminowego (RERE) w marskości HCV.We wszystkich badanych tkankach zaobserwowano polimorfizm genu RERE i warianty splicingowe.Regulacja w górę tetraspaniny CO-029 była zlokalizowana głównie w komórkach przewodów żółciowych.Podsumowując, dokonano nowych obserwacji zróżnicowanej ekspresji genów w marskości wątroby u ludzi, wykorzystując SSH jako podstawowe narzędzie do odkrywania.W szczególności uzasadnione są dalsze badania genu RERE i jego produktów w chorobie wątroby związanej z HCV.