Produkty

Przewidywalna trójwymiarowa struktura dwuniciowego DNA sprawia, że ​​idealnie nadaje się on jako szablon do oddolnego projektowania sfunkcjonalizowanych miejsc aktywnych opartych na kwasach nukleinowych.Badamy tutaj zastosowanie 14-merowego dupleksu DNA jako rusztowania do precyzyjnego i przewidywalnego pozycjonowania funkcji katalitycznych.Biorąc pod uwagę wszechobecny udział grupy imidazolowej opartej na histydynie w rozpoznawaniu białek i zdarzeniach katalitycznych, zbadano pojedyncze zmodyfikowane dupleksy podobne do histydyny.Uwiązanie histaminy do C5 zasady tyminy poprzez wiązanie amidowe umożliwia elastyczne pozycjonowanie funkcji imidazolu w głównym rowku.Wzajemne oddziaływania między imidazolem i dupleksem oraz ich wpływ na pKaH imidazolu bada się umieszczając pojedynczą zmodyfikowaną tyminę w czterech różnych pozycjach w centrum 14-merowej podwójnej helisy.Wykorzystując NMR i nieograniczoną dynamikę molekularną, ustala się motyw strukturalny polegający na tworzeniu wiązania wodorowego między imidazolem a stroną Hoogste'a zasad guaninowych dwóch sąsiednich par zasad GC.Motyw przyczynia się do stabilizacji przed topnieniem termicznym w temperaturze 6°C i ma kluczowe znaczenie w modulowaniu pKaH grupy imidazoliowej.Opisano ogólne cechy, warunki wstępne i rodzajowy charakter nowego motywu regulującego pKaH.